بانک داده پروتئین (به اختصار PDB) منبعی برای داده‌های ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها و اسیدهای نوکلئیک است. این داده‌ها عموماً توسط بلورنگاری پرتو-ایکس یا بیناب‌نمایی ان‌ام‌آر به دست می‌آیند و توسط زیست‌شناس‌ها یا زیست‌شیمی‌پیشه‌ها از سراسر دنیا برای دسترس عموم آن‌جا گذاشته می‌شوند.
در این پایگاه اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی ماکروملکول‌های زیستی ذخیره شده است. RCSB این پایگاه را ایجاد کرده و توسعه داده است.
در این پایگاه هم اکنون حدود ۵۰ هزار ساختمان DNA، پروتئین یا هر دو ذخیره شده است که همگی با روش‌های آزمایشگاهی نظیر NMR, X-ray diffraction, electron microscopy و مانند آن به دست آمده‌اند.