قرارگاه پدافند هوایی ارتش ایران یکی از نیروهای چهارگانه ارتش است که در بهمن ۱۳۸۷ و با تقسیم نیروی هوایی ایران به دستور رهبر جمهوری اسلامی ایران تشکیل شد.
به گفتهٔ سرتیپ خلبان احمد میقانی «تمام سامانه‌های متعلق به پدافند هوایی کشور از جمله رادارها، دستگاه‌های جمع‌آوری اطلاعات، آتشبارهای موشکی با بردهای بلند، متوسط و کوتاه و سامانه‌های توپخانه‌ای پدافندی تحت کنترل قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا خواهد بود.» این نیروستاد فرماندهی در بزرگراه بسیج، بلوار هجرت، جنب بیمارستان بعثت نیروی هوایی ارتش قرار دارد.
اولین فرمانده این قرارگاه امیر سرتیپ خلبان احمد میقانی بوده است.
در تاریخ ۱۳۸۹/۱۱/۵ امیر سرتیپ ستاد فرزاد اسماعیلی از سوی فرمانده کل ارتش ایران به فرماندهی این قرارگاه منصوب شد. وی با ۴۳ سال سن یکی از جوان‌ترین فرماندهان، در نیروهای مسلح ایران می‌باشد.
به گفتهٔ رهبر ایران، پدافند در اولویت اول نیروهای مسلح ایران است و این یک تغییر رویکرد بزرگ در روش جنگیدن نیروهای نظامی ایران است.